数据库代码公开：XSum分析cMap数据库

 
# 加载包  
library(tidyverse)  
library(AnnotationDbi) 
#加载数据  
load("CMAP_gene_signatures.RData")  
camp_signature <- CMAP.genePerturbations %>%  
  as.data.frame() %>% # 如果它还不是数据框  
  select(tstat) %>% # 选择tstat列  
  rownames_to_column("rowname") %>% # 将行名转换为列  
  separate(rowname, into = c("NA", "ENTREZID"), sep = "\\.") %>% # 分割行名以获取ENTREZID  
  select(-NA) # 删除不需要的列  
# 使用bitr函数进行ID转换  
SYMBOL <- bitr(camp_signature$ENTREZID,  
               fromType = "ENTREZID",  
               toType = "SYMBOL",  
               OrgDb = org.Hs.eg.db)  
# 合并结果  
camp_signature <- left_join(SYMBOL, camp_signature, by = "ENTREZID")  
# 将SYMBOL列设置为行名  
camp_signature <- camp_signature %>%  
  rownames_to_column("old_rownames") %>% # 保存原始行名（如果需要）  
  column_to_rownames(var = "SYMBOL") %>%  
  select(-old_rownames) # 如果不需要原始行名，可以删除  
# 定义eXtremeLogFC函数  
eXtremeLogFC <- function(logFC_Matrix, N = 500) {  
  numOfGenes <- nrow(logFC_Matrix)  
  XLogFC <- logFC_Matrix %>%  
    mutate(across(everything(), ~ {  
      logFCOrder <- order(.)  
      FC0 <- logFCOrder[(N+1):(numOfGenes-N)]  
      replace(., FC0, 0)  
    }))  
  XLogFC  
}  
XLogFC = eXtremeLogFC(camp_signature, N = 500)
XSum = data.frame(score = XSum(XLogFC, 
                               Up_gene, 
                               Down_gene)